(a-c)“反登起的茎长”效果仅针对UGA。(A)用空载体(EV)或TRNATRPCCA(TW)以4 bp或5 bp的形式转化Brucei细胞,作为B. nonStop的版本,并为UAG或UAA读取测量进行处理,如方法中所述。将读取值归一化为对照单元线(包含双度葡萄酶盒,无框内停止)。反密码子茎对第五基对(26:42)之间氢键的性质由垂直黑线(基本削皮)或红色十字(无削皮)表示。盒子和旋风图中的每个框都由n = 9个读取值表示(每个3个实验,包括n = 3个生物学重复)。平均值为标记(+);晶须范围从最小值到最大值。统计显着性由未配对的两尾韦尔奇T检验确定;**** p <0.0001;*** p <0.001;* p <0.05;NS =不重要。(B-C)将酵母菌菌株H541与相应的双荧光素酶读取者结构yep-r/t-uagc-l(面板B)或yep-r/t-uaac-l(面板C)一起转换,并与EV或给定的高复制高拷贝的TRNATRP变体或A Control,ReardThrough Through trhough-trhough trnatytrnatyr(ty)。所得的转化子在合成培养基中生长,用于方法中的终止密码子读取测量值,如A面板A中的分析和绘制。**** p <0.0001;*** p = 0.0002;* p <0.03;n = 15个值(每个3个单个实验,包括5个生物学重复;另请参见源数据图3、4和扩展数据中的萤火虫和Renilla测量的原始数据。图8)。(d)“反密码子的长度”效应与氨基酸饥饿应激无关。用相应的双荧光素酶读取器构造YEP-R/T-GUGAC与EV或给定的高拷贝TRNATRP变体一起使用酵母菌菌株ZH252进行转换。所得的转化子在合成介质中生长至O.D.约1,用3-AT处理 (3-氨基-1,2,4-三唑;最终浓度10 mmol/L)持续6小时(nt)。随后,对两种培养物进行了处理,以进行终止密码子读取测量值,如方法中所述,并按照面板A中的分析和绘制进行分析和绘制。n = 10个值(每个实验包括5个生物学重复;另请参见源数据图3、4和扩展数据中的Firefly和Renilla测量的原始数据。图8)。(e)UGA终止密码子四核苷酸的性质不会影响4 bp长与5 bp-l-tong长的反密码子茎trnatrp变体的差异。用相应的双荧光素酶读取记者构建器(从左到右:Yep-r/t-ugac-l; yep-r/t-r/t-ugaA-l; yep-r/t-ugag-l; yep-r/t-ugau; yep-r/t-ugau-l或yep-l/t-caac-l/y yep-r/t-caac-l)与EV或给定的高复制变量。所得的转化子在合成培养基中生长,并通过方法中所述进行定格密码子读取测量值,并在面板A中进行分析和绘制。n = 9个值(每个实验3个,包括3个生物学重复;另请参见源数据图3、4和扩展数据中的Firefly和Renilla测量的原始数据。图8)。(f)缩短酿酒酵母和arg trnas的反登起茎从5 bp到4 bp,对酵母中的UGA-TMV读取水平没有影响。用相应的双荧光素酶读取器构建体(YEP-R/T-R/T-uga-TMV-L或YEP-R/T-CAAC-L)将酵母菌菌株H541进行转化,然后用EV或给定的CYS或ARG TRNA变量给定的高拷贝。所得的转化子在合成培养基中生长,用于方法中的终止密码子读取测量值,如A面板A中的分析和绘制。n = 12个值(分别进行3个单独的实验,包括3、4和5个生物学重复;另请参见源数据图3、4和扩展数据中的Firefly和Renilla测量的原始数据。图8)。(g) SUP45S67G酵母ERF1的取代严格限制了UGA解码。The yeast strains bearing wild type eRF1 (sup45Δ + SUP45) or the S67G eRF1 substitution (sup45Δ + sup45S67G) were transformed with a corresponding dual luciferase readthrough reporter construct (YEp-R/T-UGAC-L; YEp-R/T-UAAC-L or YEp-R/T-UAG-L).所得的转化子在合成培养基中生长,用于方法中的终止密码子读取测量值,如A面板A中的分析和绘制。n = 11个值(分别进行3个单独的实验,包括3、4和4个生物学重复;另请参见源数据图3、4和扩展数据中的萤火虫和Renilla测量的原始数据。图8)。统计显着性由未配对的两尾韦尔奇T检验确定;**** p <0.0001;*** p <0.001。
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